ישנה חשיבות רבה לשמירה על שגרה, יציבות וקביעות לאורך יום הפעילות בפנימיית יום, ע"י קיום סדר יום ותוכנית ברורה. התייחסות הצוות לילדים, במהלך היום, תהיה באוריינטציה טיפולית- תינתן משמעות טיפולית להתנהגויות של הילדים ולאינטראקציות ביניהם וההתייחסות תהיה בהתאם למשמעות הטיפולית ולתוכניות הטיפול האישיות שנבנו לכל ילד. לכל יום, שבוע וחודש יקבעו תכנים ונושאי עבודה.

נושאים חודשיים מהם ניתן לגזור נושאים יומיים ושבועיים: הכרות, חברות, קבלת השונה, אני וגופי, האור שבי, בגרות והתבגרות, פחדים, גבורה והתגברות, אני תמיד נשאר אני, צמיחה והתפתחות, ניקיון והיגיינה, משפחה, כעסים, פרידה.

סדר היום בפנימיית יום יהיה ידוע מראש, כתוב ומוצג לילדים, להורים ולצוות פנימיית היום. הוא מובנה בפרקי זמן קצרים וצריך להיות תלוי ומוצג במיקום מרכזי בחלל הפעילות.
 
סדר היום:

• ארוחת צהריים וארוחת ערב.
• שעורי בית / פעילות לימודית.
• חוגים + פעילות חברתית קבוצתית.
• פעילות טיפולית / רגשית.
• פעילות הפגתית: שעת סיפור, משחקי חברה, יצירה, אפיה, משחקי קופסא, דפי עבודה, זמן חצר, ימי הולדת.
• במהלך השנה תתקיים חגיגת יום הולדת לכל ילד, בתיאום עם הוריו.
• מומלץ לערוך בתחילת היום ובסופו שיחה קבוצתית ע"י המדריך/ה, שיחות אלו הינן חלק מהטיפול בילדים.

בסיום היום יתקיימו חצאי שעות אישיות לכל ילד עם המדריך שלו, כך שכל ילד ייהנה מחצי שעה פעם בשבוע.